Python生物信息学数据管理》实例意在解决生物学问题,通过“编程技法”的形式,涵盖尽可能多的组织、分析、表现结果的策略。在每章结尾都会有为生物研究者设计的编程题目,适合教学和自学。本书由六部分组成:Python语言基本介绍,语言所有成分介绍,高级编程,数据可视化,生物信息通用包Biopython,后来给出20个"编程秘笈”,范围涵盖了从二级结构预测、多序列比对到蛋白质三维结构的广泛话题。
第一部分入门
第1章Python shell
第2章第一个Python程序
第一部分小结
第二部分数 据 管 理
第3章分析数据列
第4章解析数据记录
第5章搜索数据
第6章过滤数据
第7章管理表数据
第8章数据排序
第9章模式匹配和文本挖掘
第二部分小结
第三部分模块化编程
第10章将程序划分为函数
第11章用类化繁为简
第12章调试
第13章使用外部模块: R语言的Python调用接口
第14章构建程序流程
第15章编写良好的程序
第三部分小结
第四部分数据可视化
第16章创建科学图表
第17章使用PyMOL创建分子图像
第18章处理图像
第四部分小结
第五部分Biopython
第19章使用序列数据
第20章从网络资源中检索数据
第21章使用三维结构数据
第五部分小结
第六部分编程秘笈
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